Mamiya 645 AF -järjestelmä julkaistiin vuonna 1999. Se on hyvin samankaltainen kuin vanhempi 645-järjestelmä, mutta vähemmän modulaarinen. Vain filmiperä on vaihdettava, kun taas esimerkiksi etsin on kiinteä prismaetsin.

645 AF -kameroissa on elektronisesti ohjattu verhosuljin, jonka suljinajat ulottuvat 30 sekunnista aina 1/4000 sekuntiin. Automaattitarkennus ja automaattinen valotus tekevät myös siirtymisen kinokoosta keskiformaattiin erittäin helpoksi!

Mamiya 645 -järjestelmään tehtyjä manuaalitarkenteisia objektiiveja pystyi edelleen käyttämään automaattitarkenteisissa 645 AF -kameroissa, mutta ei päinvastoin. Manuaalitarkenteisella objektiivilla käyttäjän tulee tarkastaa itse oikea valotus. Manuaaliset objektiivit eivät toimi Phase One XF-kamerassa, ellei niitä ole erikseen modifioitu.