Canon EF-S-järjestelmä (julkaistu 2003) on lähes identtinen alkuperäisen Canon EF -järjestelmän kanssa, mutta se on tehty yksinomaan Canonin kroppikennoisille digitaalisille järjestelmäkameroille (APS-C-kameroille, joiden kenno on noin 1.5x pienempi kuin täysikennoinen 35mm kenno). Tästä syystä nämä objektiivit tuottavat pienemmän piirtoympyrän, ja S-kirjain EF-S-lyhenteessä tarkoittaakin pientä (small).

EF-S-objektiiveja ei pitäisikään kiinnittää täyden kennon EF-runkoihin, koska osa EF-S-objektiiveista kiinnittyy syvemmälle runkoon kroppikennoisten kameroiden pienemmän peilin vuoksi ja voivat näin ollen joutua kosketuksiin täyskennoisten kameroiden peilin kanssa. Koska objektiivit ulottuvat syvemmälle runkoon ja siten lähemmäs kennoa, EF-S-järjestelmän laajakulmaobjektiivit ovat jopa suorituskykyisempiä kuin EF-järjestelmän objektiivit, sillä tämä tarjoaa paremman optisen suorituskyvyn halvemmalla sekä pienemmällä koolla.

Canon EF -objektiiveja voi sen sijaan käyttää kameroissa, joissa on EF-S-kiinnitys.